Linie Air Lithuania powstały 13 września1991 jako przedsiębiorstwo państwowe, które było oparte na likwidowanym oddziale Aerofłotu w Kownie. Pierwsze regularne loty linie wykonały w lutym 1993 z Kowna do Budapesztu. 17 lipca1995 linie zostały przekształcone w Spółkę Akcyjną. W 1997 udziały Air Lithuania zostały przeniesione do innej litewskiej linii lotniczej – Lithuanian Airlines. W listopadzie 2005[1] Air Lithuania ogłosiła upadłość. Była to pierwsza linia lotnicza na Litwie, która upadła[2].
W 2004 linie przewiozły 54 500 pasażerów. Początkowo linie używały samolotów Tu-134 oraz Jak-42. Potem samoloty te zastąpiły europejskie ATR 42.
Kierunki lotów
Pod koniec swojej działalności linie oferowały loty krajowe na trasie Kowno – Połąga.