I oktober 2000 kom han i økende grad under press på grunn av korrupsjonsanklager mot ham og medlemmer av hans regjering. Anklagene ble fremsatt av Teodoro Nguema Obiang Mangué, sønn av president Teodoro Obiang og regnet som en mulig etterfølger. Han bad om avskjed i slutten av februar 2001. Sønnen av presidenten var det eneste regjeringsmedlemmet som ikke gikk av, men fortsatte i den nye regjeringen.
Hans regjering ble også beskyldt for innblanding i narkotikahandel. Men i utlandet har mistankene om korrupsjon og delaktighet i narkotikahandel først og fremst rettet seg mot presidenten og hans familie.
