Fra 1994 til 2003 ledet han en rekke myndighetsorganer, til slutt det kinesiske tilsynet for nærings- og legemidler.
Zheng Xiaoyu ble anklaget for korrupsjon. I hans embedsperiode tillot hans tilsynsorgan over 150 000 nye medikamenter, noen av dem angivelig etter at bestikkelser var betalt. Noen av disse medikamentene ble koblet til dødsfall.
Zheng ble dømt til døden, og han ble henrettet den 10. juli 2007.