Landsbyen Wartenberg ble etablert under den tyske ekspansjonen mot øst i middelalderen. Stedets navn forekommer første gang i skriftlige kilder 2. oktober 1270 ved omtalen av Bernhardus de Wardenberge. Den er også nevnt i Karl IV's landbok fra 1375. Landsbyen ble bygget ut mellom 1845 og 1900. Bolig- og landbruksbygningene ved Dorfstrasse er vernet som kulturminne.
Wartenberg ble innlemmet i Stor-Berlin i 1920. Under den andre verdenskrigen var det i Wartenberg tvangsarbeidere både i landbruket, i firmaer og i kommunale virksomheter. Den gamle landsbykirken ble sprengt i 1945. I perioden 1945 til 1990 lå Wartenberg i Øst-Berlin.
