Som sin bror Axel Axelsen Brahe sverget Thyge Christian II fornyet troskap i 1523, men etter at kongen hadde forlatt landet til fordel for Nederlandene, gikk han over til Frederik Is parti. Han ble opptatt i riksrådet, men falt samme år under en trefning utenfor Malmø.[4]
Brahe ligger, sammen med sin første hustru, begravet i Tostrup kirke i det sydlige Skåne. Gravstenen, som forestiller paret stående med Brahe- og Krognosslektenes våpen, er hugget av Adam van Düren.[5]