Rafto hadde et sterkt engasjement for undertrykte og forfulgte, spesielt bak jernteppet. Under et besøk i Praha i 1979 trosset han de kommunistiske myndighetene og holdt private forelesninger for studenter som var utvist fra universitetet for politisk aktivisme. Dette førte til at han ble arrestert og mishandlet av det tsjekkoslovakiske politiet. Blant annet ble Rafto slått kraftig i hodet. Han kom seg aldri etter skadene og døde etter lang tids sykeleie i 1986.