O'Rahilly var kjent for hans til tider kontroversielle teorier på irsk historie. I hans bok Early Irish history and mythology (Tidlig irsk historie og mytologi, første gang utgitt 1946,) utviklet han en modell for irsk forhistorie basert på kritisk lesning av tidlig irske litterære kilder hvor han beskrev fire prinsipielle innvandringsbølger (se Tidlig irsk historie). I en forelesning, The Two Patricks som ble utgitt i 1942, foreslo han det hadde eksistert hele to utgaver av Irlands store skytshelgen, Sankt Patrick av Irland. Forslaget vekket nasjonal indignasjon da man fikk en følelse av at om det ble konsesjon for teorien om to Patricker ville det utilbørlig lede til en teori det ikke eksisterte noen Patrick.[4]
Hans syn på språkkontakter og bilingvalisme (egenskapen å snakke to språk flytende) var tilsvarende kontroversielle. I boken Irish dialects past and present (Irske dialekter før og i dag, 1932) skrev han følgende om språket mansk (på øya Man i Irskesjøen):
«Fra begynnelsen av sin karriere som et skriftlig språk begikk engelsk massakre med sin syntaks og det kan bli sagt uten større overdrivelse at den mansk som har blitt trykt er kun engelsk forkledd i et mansk ordforråd. Mansk fortjener knapt å leve. Når et språk overgir seg selv til utenlandsk idiomer, og når alle de som snakker det blir flerspråklige er straffen døden».[5]
Andre utgivelser omfattet en rekke antologier av irsk poesi utgitt i årene mellom 1916 og 1927. Han grunnla og var redaktør for Gadelica, et tidsskrift for moderne irske studier, og redigerte også tidsskriftet Celtica (1946–1950), også et organ for keltiske studier.
