I april 1454, etter John Kemps død, ble han utnevnt til erkebiskop av Canterbury. Han ble rikskansler i England i mars 1455. I dette embetet opplevde han starten på rosekrigene. I begynnelsen tok han ikke i nevneverdig grad side i krigen. Da Richard, hertugen av York, mistet sin makt i oktober 1456 ble Bourchier fjernet fra embetet som rikskansler.[trenger referanse]
Han bidro til å forsone partene i rosekrigen i 1458, men da krigen på ny blusset opp i 1459 tok han side for yorkistene.[trenger referanse] Han kronet Edvard IV i juni 1461, og hans dronning fire år senere.
Etter Edvard IVs død i 1483 overtalte Bourchier dronningen til å la hennes yngste sønn, Richard av York, bo sammen med den nye barnekongen, Edvard V, i Tower of London.[trenger referanse] Bourchier hadde sverget troskap til Edvard V før den gamle kongens død, men i juli 1483 kronet han likevel Richard til konge under navnet Richard III. Begge de unge prinsene ble myrdet, men det er ikke mistanke om at Bourchier var innblandet i dette.[trenger referanse] Han kronet deretter en tredje konge, Henrik VII, og viet ham også til Elisabeth av York i januar 1486.