Tõnu Endrekson (født 11. juni 1979) er en estisk roer som spesialiserer seg i dobbeltfirer. Sammen med Jüri Jaanson tok han sølv i Dobbeltsculler under Sommer-OL 2008 i Beijing. Under Sommer-OL 2012 i London representerte han landet sitt, der han ble nummer 4.[5]
Under Sommer-OL 2020 i Tokyo som ble arrangert i 2021, ble han nummer 6 i dobbeltfirer.[6]