Bilić startet karrieren sin i Hajduk Split i 1987. I 1993 dro han til den tyske klubben Karlsruhe SC, før han i 1996 dro videre til England, og West Ham United. Der var han til 1997 da han ble hentet av den engelske storklubben Everton. Der var han i tre år før han dro hjem til Kroatia og Hajduk Split, hvor han var spillende trener. Han avsluttet sin karriere som fotballspiller i 2001.
Trenerkarriere
Han fortsatte å trene Hajduk Split til 2004, da han tok over som sjef for det kroatiske u-21 landslaget. I 2006 ble han sjef for det kroatiske landslaget, der han har gjort stor suksess. Han var frem til juni 2015 trener for Beşiktaş i den tyrkiske ligaen Süper Lig.
