Skolens historie kan føres helt tilbake til 1701 da Søcadet-Academiet i København begynte utdannelsen av sjøoffiserer til den dansk-norske fellesflåten. Det Kongelige Norske Søcadet-Institut ble åpnet på Marinens hovedstasjon Fredriksvern (Stavern) 27. oktober 1817. Senere ble sjøkrigsskolen overført til Horten samtidig som Marinens hovedbase ble etablert der i 1864. Her foregikk undervisningen frem til krigsutbruddet 9. april1940.
Under annen verdenskrig ble Sjøforsvaret reorganisert og bygget opp i Storbritannia, og det ble høsten 1941 etablert en sjøkrigsskole i London. Senere i perioden foregikk utdanningen i nærheten av Edinburgh. Etter krigen fikk Sjøkrigsskolen midlertidig plassering i Oslo. Denne «midlertidige» ordningen varte i 15 år, før skolen fikk sin nåværende plassering ved Wallemsviken, Laksevåg utenfor Bergen i 1960.[7]