Prosepektkort med Mater Dolorosa-kirken i Samsun.Katedralen Johannes Evangelisten i Izmir
Den 11. oktober 2004 ble han utnevnt til erkebiskop av Izmir.[2] Kort tid etter ankomst til Izmir, ble han påkjørt i gangfeltet av en politibil som en sinnssyk mann hadde stjålet.[3] Han tilbrakte måneder på sykehuset, og angrepet etterlot ham haltende. Han hyret en tyrkisk advokat, og ventet i årevis på en oppklaring av saken. Han koblet senere hendelsen til andre angrep han så på som en del av en antikristen kampanje.[4]
Den 12. juni 2010 ble han gitt tilleggsansvaret som apostolisk administrator for det apostoliske vikariat Anatolia[5] etter drapet på biskop Luigi Padovese. Han godtok ikke den offisielle forklaringen om at Padovese hadde vært offer for en mentalt forstyrret mann som handlet på egen impuls. Han koblet det til andre angrep og kalte det resultat av «ultranasjonalisters og religiøse fanatikere»s tilskyndelser.[4]
I begge de to bispedømmene som var ham betrodd ham, renoverte han mange kirker i samarbeid med lokale myndigheter, som den historiske Mater Dolorosa-kirken i Samsun i 1998. Johannes evangelist-katedralen i Izmir ble åpnet for publikum 29. oktober 2013 etter at en kontrakt med NATO ble avsluttet og en domprost ble utnevnt.[6]
Før pavens besøk til Tyrkia fra 28. til 30. november 2014 uttrykte erkebiskop Franceschini sitt håp om at pave Frans også ville finne tid til å besøke syriske og irakiske flyktningfamilier sør i det apostoliske vikariat Anatolia.[7] Innenfor den stramme tidsrammen talte pave Frans med unge flyktninger i Den hellige ånds katedral i Istanbul.[8]
Den 7. november 2015 aksepterte pave Frans den da 75 år gamle erkebiskops aldersbetingede fratreden som erkebiskop og paven utnevnte Lorenzo Piretto til å etterfølge ham.[9]
Han døde den 30. desember 2024 på Santa Maria Nuova-sykehuset i Reggio Emilia, hvor han var blitt innlagt. Begravelsen ble berammet til den 2. januar 2025 fra sognekirken Sant'Antonino i Casalgrande og på den lokale kirkegården.
