Han virket så en kortere periode som luthersk prest. I 1879/80 var han repetent for filosofi ved Tübinger Stift. Fra 1881 til 1887 var han lærer for religion og hebraisk ved Karls-Gymnasium (Stuttgart). Han arbeidet i denne perioden på sitt verk Geschichte der Hebräer, som han fullførte i 1887.
I Leipzig arbeidet han også med Amarnatavlene og med Codex Hammurapi. I 1901/02, 1907/08 og 1911/12 var han dekan for det teologiske fakultet.[6] I 1917/18 og 1918/19 var han atter ved Universitetet i Leipzig.[7]
Av Kittels øvrige arbeider kan nevnes Die Religion des Volkes Israel (1891, 2. opplag 1929), en utgave av Biblia hebraica (2 bind, 1905-06) samt en selvbiografi i Die Religionswissenschaft der Gegenwart in Selbstdarstellungen (1925).
Rudolf Kittel var far til teologen Gerhard Kittel, som i sin tid skulle forsvare nazismen.