Spillet har to forskjellige mål. Det ene er at en skal prøve å få flest mulig poeng, som lagres på ei liste over de beste poengsummene en har fått. Det andre målet er å fylle opp en pokédex som en kan se i menyen før en starter å spille sjølve spillet. Dette gjøres ved å skaffe pokémonene mens en spiller. Da vil informasjonen om disse lagres i pokedexen etter at spillet er slutt. En kan bare fange pokémon som dukker opp i Pokémon Ruby og Sapphire.[2]
Spillets oppbygning
Før en starter sjølve spillet skal en velge mellom to forskjellige brett, med en del forskjeller.
Spillet er bygd opp som de fleste flipperspill er. En starter med å skyte ut en ball, i dette spillet en pokéball, som beveger seg gjennom et brett. Ballen beveger seg mot den nederste delen av brettet, og her er det et hol som en skal unngå at ballen går ned i. Rett ovenfor dette holet er det to flippere en kan få til å slå opp ved å nytte knappene på konsollen. Hvis en slår med disse på riktig tid, vil ballen bli slått oppover i brettet, og ikke falle ned i holet. Ved å slå med disse på rett tid kan en styre ballen i forskjellige retninger oppover brettet. Hvis ballen går ned i holet mange nok ganger er spillet slutt, og en har tapt.
Mens en spiller kan en prøve å oppfylle visse krav, for å låse opp spesielle moduser. Disse kan gi ekstrapoeng, og en kan fange nye pokémon til pokédexen. De spesielle modusene er en som gjør at en kan fange pokémon, en som lar en utvikle dem, en som gjør at en kan klekke egg, og en reisemodus, som lar en bytte hvilke pokémon som kan dukke opp og man kan fange. I tillegg til spesialmodusene er det bonusbaner, hvor en spiller på et annet brett enn hovedbrettet for ei stund.
