Weingartner var snekker av yrke. Han avtjente sin ni måneder lange militærtjeneste i den jugoslaviske hæren i 1935. Deretter arbeidet han som snekker. Fra 12. mars 1941 – og dermed under det tyske angrepet på Jugoslavia – tilhørte Weingartner igjen den jugoslaviske armé.
Etter det tyske angrepet havnet Weingartner i krigsfangenskap, men tyskerne slapp ham raskt fri.
I slutten av 1942 ble han innkalt til Waffen-SS og gjennomgikk tre måneders utdannelse til leirvakt. Frem til 22. november 1943 tilhørte Weingartner vaktkompaniene i KZ-Auschwitz. Han kom senere til å tjenestegjøre som Blockführer (brakkesjef) i kvinneleiren i Auschwitz-Birkenau, og utførte telefontjeneste. I desember 1944 var han fangevokter for over 1000 kvinnelige fanger i ytrekommando Weber, der fangene ble tvunget til å anlegge grøfter for elveregulering.
Ved evakueringen av Auschwitz-Birkenau i januar 1945 forlot også Weingartner leiren. Ikke lenge etter ble han Blockführer i Bergen-Belsen.
Den 15. april 1945 ble Bergen-Belsen befridd av britiske styrker, som i leiren fant drøyt 10 000 døde og omkring 60 000 overlevende. De ansatte i leiren fikk ordre om å begrave alle likene i massegraver. Weingartner ble pågrepet og forhørt av britisk militærpersonell. Den 17. september ble han og 44 andre tidligere leirvakter stilt for retten i Belsenprosessen i Lüneburg. Den 17. november forkynte domstolen sine dommer: Weingartner og ti andre ble dømt til døden ved henging.
