Peter Chen ble presteviet i 1947 og virket deretter ved bispedømmet Yixians kontor i Beijing.
Han tilbrakte mye av sitt prestelige og biskoppelige liv i fangenskap eller forskjellige former for forvaring, sammenlagt mer enn 30 år.[trenger referanse] Han ble først dømt til livstidsfengsel i 1954, men ble satt fri i 1980. Stadige arrestasjoner og løslatelser fulgte. I 1981 ble han arrestert igjen.[trenger referanse]
Hemmelig bispeviet
I 1983 ble han hemmelig bispeviet biskop av Yixian. Etter ny fengsling ble han løslatt i 1987. Året etter ble han utpekt av undergrunnsbiskop Peter Joseph Fan Xueyan av Baoding til å overta ledelsen av hans bispedømme.
I desember 1990 ble han ført bort av sikkerhetspolitiet og ikke en gang hans nærmeste slekt fikk vite hvortil.[trenger referanse] Biskop Chen led av diabetes og var halvveis paralysert av et slag og henvist til rullestol. Det fremkom senere at han etter arrestasjonen i 1990 først ble holdt i en måned i en omskoleringsleir, men deretter ble sendt til det som eufemistisk ble kalt aldershjem – i praksis var han frihetsberøvet uten rettergang.[trenger referanse] En annen undergrunnsbiskop som ble holdt der, hjelpebiskop Paul Liu Shuhe fra Yixian, klarte å flykte den 19. april 1992, men biskop Chen var helsemessig ikke i stand til å følge med.[trenger referanse] Da katolikker som hadde møtt biskop Liu senere kom til stedet, var han flyttet til nytt ukjent sted. (Biskop Liu døde i dekning 2. mai 1993.)
I midten av 1993 appellerte katolikker i Baoding om at katolikker utenfor Kina skulle be for hans løslatelse. Den 16. november samme år ble han satt fri, og dagen etter fremsto han i almenheten for første gang i anledning 390-årsjubileet for den katolske menigheten i Anzhuang nær Baoding. Menigheten der gikk tilbake til pater Matteo Riccis tid.
Den tidligere ordinære undergrunnsbiskop av Baoding, Peter Fan Xueyan, døde i politiets varetekt i april 1992, men biskop Chen hadde fått overdratt styringsansvaret for bispedømmet allerede fire år tidligere.[trenger referanse]
En annen «bispevielse»
Den 30. november 1986 ble han ordinert til biskop av Bengbu – uten pavelig mandat – av biskop Joseph Zong Huaide av Jinan. Ettersom den katolske kirke ser på bispeviels som et pregende sakrament som dermed ikke kan «gjentas», var 1986-vielsen ikke noen egentlig bispevielse. Den må ses i forbindelse med at kinesiske myndigheter ikke anerkjenner undergrunnskirkends aktivitet og i dette tilfelle ikke vill la dens bispevielsr ha rettseffeker.[trenger referanse]