Milenković startet sin håndballkarriere i den serbiske storklubben ŽRK Radnički Beograd, før hun i 2003 signerte for rivalen ŽRK Knjaz Miloš. Etter å ha blitt seriemester med Knjaz Miloš i 2007, meldte Milenković overgang til den montenegrinske toppklubben ŽRK Budućnost. Etter to sesonger med både cup- og seriegull i Budućnost, ble det to sesonger med cup- og seriesølv hos rivalen ŽRK Biseri.
Ut i Europa
Etter 10 sesonger i hjemlandet kom Milenković i 2011 seg ut i Europa, hvor hun signerte for den nylig tapende Champions League-finalisten fra Spania, SD Itxako.[2] Hun ble spansk supercupmester med Itxako, men signerte sesongen etter for den franske klubben ESBF Besançon. Siden 2013 har hun spilt for den kroatiske klubben ŽRK Podravka Vegeta.