Matthias Flacius var sønn av Andrea Vlacich alias Francovich og hans hustru Jacobea Luciani, datter av en rik og mektig alboniansk familie.[trenger referanse] Hans mors onkel var fransiskaneren Baldo Lupetina som senere ble dømt til døden i Venezia for sin nyvunne lutherske tros skyld.[trenger referanse]
Hans far døde mens Matthias var i tidlig barndom. Han skaffet seg en grundig humanistisk utdannelse i Venezia.[trenger referanse] Han fikk undervisning fra humanistenGiambattista Cipelli (Baptista Aegnatius / Battista Egnazio). Han hadde først tenkt seg å tre inn i fransiskanerordenen, for å studere videre med denne orden i ryggen.[trenger referanse] Baldo Lupetina fikk ham imidlertid på andre tanker.[trenger referanse] Dette var etter at onkelen hadde utviklet sine sterke protestantiske sympatier.[trenger referanse] Han dro istedet dermed i 1539 til Basel, så til Tübingen og i 1541 til Wittenberg.