Den 12. oktober 2006 ble han utnevnt til biskop av Davenport i Iowa og innført i embedet 20. november samme år av erkebiskop Jerome Hanus,[1] i nærvær av erkebiskop Pietro Sambi, i St. John Vianney Church i Bettendorf.[2]
To dager før embedsovertakelsen hadde bispedømmet søkt om Chapter 11 konkursvern. Som følge av dette solgte bispedømmet eiendommer, blant annet biskopens residens, for å kunne utbetale erstatninger til en rekke overgrepsofre.[3] Amos hadde funnet et mindre sted han kunne bo.[4] Bispedømmet solgte også sin kansellibygning, St. Vincent Center, og andre eiendommer rundt St. Ambrose University i mai 2009. I mars 2010 klarte bispedømmet å kjøpe tilbake noe av det solgte.[5] Dette ble mulig etter en større fund-raising-kampanje.[6]
I 2007 kunngjorde biskop Amos at St. Ambrose Universitys board of trustees hadde bestemt å fjerne biskop Gerald O'Keefes navn fra skolebiblioteket. O'Keefe skulle ha dekket over overgrep begått av prester i bispedømmet.[4] Den 1. juli 2010 gjenopprettet bispedømmet Catholic Charities. Organisasjonen ble etablert i bispedømmet i 1929 av biskop Henry Rohlman, men opphørte i 1968. [7]
Pave Frans innvilget hans aldersbetingede avskjedssøknad den 19. april 2017.[8]