Etter at hovedoppdraget var fullført ble sonden instruert til å fotografere andre objekter av interesse. Den 2. november2006 mistet bakkekontrollen kontakten med sonden. Et svakt signal som indikerte at sonden hadde gått inn i «sikkerhetsmodus» ble registrert tre dager senere. Senere forsøk på kommunikasjon med Surveyor mislykkedes, og prosjektet ble offisielt erklært avsluttet av NASA i januar 2007.
Mulig oppdagelse av vann på Mars
Den 6. desember2006 frigjorde NASA bilder av kratrene Terra Sirenum og Centauri Montes, som de mener peker i retning av at det har vært rennende vann på Mars i løpet av de siste fem årene.[1] De frigitte bildene ble tatt av Mars Global Surveyor mellom 1999 og 2001, og er muligens sondens siste bidrag til vår kunnskap om Mars, og til spørsmålet om det er eller kan ha vært liv på Mars.