Ifølge Forbes Magazine ble Husain ansett som en indisk Picasso. Husain ble assosiert med indiske modernismen på 1940-tallet. Etter en lang karriere, i 1996, da Husain var 81 år gammel, oppsto en strid om maleriene hans opprinnelig kan tolkes som anti-hinduistiske. Etter diverse juridiske saker og drapstrusler i hans eget hjemland, reiste Husain i et selvpålagt eksil i 2006. I januar2010 ble Husain tilbudt statsborgerskap i Qatar, som han aksepterte.
Husain ble først kjent som kunstner på 1940-tallet. I 1947 ble han medlem av Progressive Artists Group, grunnlagt av Francis Newton Souza. Denne gruppen bestod hovedsakelig av unge kunstnere som ønsket å bryte med de nasjonalistiske tradisjonene som var etablert av kunstskolene og i stedet oppmuntre til en indisk avant-garde. I 1952, ble hans første separat-utstilling vist frem ved Zürich i Sveits og over de neste årene har Husain hatt flere kunst-utstillinger både i Europa og i USA. I 1955 ble Husain tildelt den prestisjetunge Padma Shri-prisen fra indiske myndigheter.
I 1967 lagde Husain sin første film. Det ble vist under Berlin Film Festival og vant en Golden Bear. Husain ble tildelt utmerkelsen Padma Vibhushan i 1991. Husain var den best betalte maleren fra India. I en alder av 92 år ble Husain tildelt den prestisjefylte Raja Ravi Varma-prisen av regjeringen i Kerala. Kunngjøringen av denne tildelingen førte til kontrovers i Kerala og enkelte kulturelle organisasjoner kjempet innbitt mot tildelingen av denne prisen til Husain. Husain ble inkludert i listen over de 500 mest innflytelsesrike muslimer i verden. I de siste årene av hans liv var Husain bosatt i Dubai og London. Han besøkte sjelden India, men uttrykkte et sterkt ønske om å returnere til hjemlandet, til tross for hans frykt for arrestasjon hvis han kom tilbake.
Husain døde i alder av 95 år, den 9. juni 2011 etter å ha vært syk i flere måneder. Han døde mens han var innlagt ved Royal Brompton Hospital i London og han skal etter planen begraves allerede 10. juni 2011. Indias tidligere statsministerManmohan Singh har offentlig uttalt at Husains dødsfall var et stort nasjonalt tap for India.