Huber kom i 1519 til Heidelberg for å gå på skole. Der ble han kjent med Nikolaus Thomas Sigelspach som overtalte ham til å gå videre på skole i Basel. Der ble han kjent med Johannes Oekolampad og hans skrifter og ble overbevist om de reformatoriske ideer. Han var i Basel fra 1526 til han i 1531 ble prest i Straßburg og jobbet under Martin Bucer. Han var Bucers sekretær og medarbeider i 18 år, og støttet ham og hans lære til det fulle. Bucer arbeidet for et kompromiss mellom nattverdlæren til Martin Luther og Huldrych Zwingli, men fikk ikke gjennomslag. Han måtte forlate landet i 1549. En annen kirkelig retning ble da dominerende i området, og situasjonen ble vanskelig for Hubert. Han ble kastet ut av kirkekonventet i 1557 og fikk sparken i 1562 på grunn av sitt teologiske syn og sin posisjon som en «fri» forkynner.
Sammen med Bucer gav han i 1545 ut salmeboken Ein New Auserlesen Gesangbüchlin der han selv har med noen salmer. Det kom senere flere utgaver av denne boken.
Hubert skrev i 1540 salmen «Allein zu dir, Herr Jesu Christ» som ble tonesatt av Johann Sebastian Bach (BWV 33). Denne salmen står i Norsk Salmebok med tittelen «Til deg åleine, Herre Krist». I 1545 skrev han salmen «O Gott, du höchster Gnadenhort» som i dag finnes blant annet i den tyske Evangelisches Kirchengesangbuch og på både nynorsk og bokmål i Norsk Salmebok og Norsk Salmebok 2013.
