Byen oppsto på 1300-tallet som en sloboda tildelt Forkynnelsesklosteret. Klosteret var grunnlagt av Sankt Sergej av Radonezj, som bodde i området mellom 1354 og 1358. Gjennom storparten av dets historie var klosteret sterkt avhengig av det mye større Troitse-Sergijeva Lavra-klosteret, som ligger rundt 50 km mot vest.
Den lille klosterkatedralen, oppført under Ivan den store, tilhører den tidlig moskovittiske typen av katedralkirker. Den anses vanligvis som det siste og vakreste eksemplaret av denne konservative typen (bilde). Et åpent galleri forbinder katedral med den nærliggende Frelserkirken, bygget i form av et firkantet tårn og toppet med et teltlignende klokketårn. Denne kirken ble bestilt av Miloslavskij-bojarene i 1656, og inneholder familiens gravkammer. Refektoriet fra 1500-tallet, med St. Sergej-kirken, ble revet i sovjettiden.
Etter at klosteret ble oppløst i 1764, fikk slobodaen byrettigheter (i 1778). Deretter utviklet Kirzjatsj seg, som mange andre byer i området, primært som et senter for tekstilindustri.