Referanseløs: Denne artikkelen inneholder en liste over kilder, litteratur eller eksterne lenker, men enkeltopplysninger lar seg ikke verifisere fordi det mangler konkrete kildehenvisninger i form av fotnotebaserte referanser. Du kan hjelpe til med å sjekke opplysningene mot kildemateriale og legge inn referanser. Opplysninger uten kildehenvisning i form av referanser kan bli fjernet.
Den 28. juli 1942 ble Brandt utnevnt til generalkommissær for sanitets- og sunnhetsvesenet. I dette vervet sørget han for koordineringen av det sivile og det militære helsevesen. Blant oppgavene var å skaffe sengeplasser til sårede soldater på avlastningssykehus og lasaretter. «Aktion Brandt», oppkalt etter ham, handlet om å stue bort eller avlive pasienter.
Under andre verdenskrig utstedte Brandt ordrer om forskjellige medisinske eksperimenter på konsentrasjonsleirfanger, og utførte ofte disse egenhendig. Disse eksperimentene, fant sted på forskjellige institutter for eutanasi og i blant andre konsentrasjonsleireneDachau, Buchenwald og Auschwitz. Ofrene ble blant annet utsatt for høydeeksperimenter, nedfrysning, ben-, muskel- og nervetransplantasjoner, sterilisering, forskjellige eksperimenter med tyfus og sulfanilamid.
Avskjed
Etter 20. juli-attentatet i 1944 kritiserte Brandt Theodor Morells medisinske ivaretakelse av Hitler, og ble i september samme år avskjediget som eskortelege.[11] I april 1945 lot Brandt sin hustru og alle kvinner i sin stab evakuere for at de ikke skulle havne i sovjetisk fangenskap.[12]
Martin Bormann hadde sørget for å rette Hitlers mistanke mot Brandt, også for indirekte å ramme Brandts venn Albert Speer som Bormann mistenkte for å bruke Brandt til å styrke sin egen innflytelse på Hitler. Speer ble advart om dette, og da han fikk vite at Brandt var dømt til døden ved standrett for «forræderi og defaitisme», og nå satt i en villa i Berlin-Dahlem med SS-bevoktning og ventet på å bli henrettet - tok Speer sjansen på å dra fra Bad Wilsnack til Berlin 23. april 1945, i krigens kaotiske sluttfase, for å overtale Hitler til å slippe Brandt fri. Men da var vennen allerede i sikkerhet i Schwerin, på ordre fra Heinrich Himmler som håpet å nyttiggjøre seg Brandts mange utenlandske kontakter, i håp om en fredsavtale med vestmaktene.[13]
Rettegang
I slutten av mai 1945 ble Brandt arrestert av allierte soldater. Han ble stilt for retten i Nürnberg ved en rettergang med det formelle navnet United States of America vs. Karl Brandt et al., mer kjent som legeprosessen. Prosessen mot Brandt og 22 andre nazistiske leger ble innledet den 9. desember 1946, og domsslutningen ble meddelt den 19. august 1947. Brandt og seks andre anklagede ble dømt til døden, og ble henrettet ved hengning i fengselet i Landsberg am Lech i Bayern.
Karl Brandt var gift med svømmeren Anni Rehborn (født 1904), som han fikk sønnen Karl Adolf (født 1935) med.