Juupajoki er en kommune i landskapet Birkaland i Finland. Kommunen har cirka 1 900 innbyggere og et areal på 274,95 km² hvorav 16,47 km² er vann. Juupajoki er en finskspråklig kommune som grenser til kommunene Jämsä, Mänttä-Vilppula, Orivesi og Ruovesi.
Juupajoki har fått sitt parallelle univers av den finske tegneserietegneren Tarmo Koivistos imaginære kommune Eipäjoki (eipä — juupa betyr «neida — joda» på finsk, og joki betyr «elv».
