John Toner ble ordinert til prest i Palencia i Spania for erkebispedømmet Glasgow den 25. mars 1882.
Han var kapellan i St Laurence i Greenock fra 1882 til 1887 og vendte tilbake til Blair College som professor fra 1887 til 1890. Han var sogneprest i St Michael's i Parkhead fra 1890 til 1897, og St Patrick's i Anderston fra 1897 til 1901.] Fra 1901 til 1914 var han sogneprest av St Columbkille's i Rutherglen. I 1902 var han blitt utnevnt til kannik i Glasgow.