John Stowe sluttet seg til fransiskanerkonventualene og studerte først filosofi og historie ved Saint Louis University. Deretter fikk han en mastergrad i teologi (Master of Divinity) og et lisensiat i kirkehistorie ved Jesuit School of Theology i Berkeley. Han avla sine siste løfter den 1. august 1992.
I februar 2018 ble Stowe med i Pax Christi USA-styret som deres president.[2] I januar 2019 skrev Stowe en kommentar som kritiserte Nick Sandmann og andre elever fra Covington Catholic High School for bruk av sportshodeplagg som støttet president Donald Trump under March for Life-rallyet i 2019 i Washington, D.C.[3] Han sa at slagordet «Make America Great Again» på klærne deres «støtter en president som nedverdiger livene til innvandrere, flyktninger og mennesker fra land som han beskriver med usømmelige ord og tilfeldig setter i fare med livstruende politikk».[4][5] Senere gikk han tilbake på sin kritikk; han hadde lagt til grunn mediefremstillinger som gav et vrengebilde av hendelsen.
I mars 2021 uttrykte Stowe støtte til den føderale likestillingsloven, en foreslått lovgivning som tvert imot ble motarbeidet av Den amerikanske konferanse for katolske biskoper. Han skrev at «Som katolsk biskop hater jeg å se enhver form for skadelig diskriminering beskyttet av loven, og det er i samsvar med vår lære for å sikre at LHBTQ-personer har den beskyttelsen de trenger».[6]
