Under påvirkning fra James Wrexham, en puritansk predikant i Haversham som tidligere hadde vært sogneprest i Kimble Magna og Woburn, Bedfordshire, ble Mason stadig mer opptatt av millenniumstanker, og han led samtidig av konstant hodepine. Han var ømtålig for lyd, og trakk seg tilbake til et tomt hus der han skal ha fått vondt selv av lyden av sine egne skritt og sin egen stemme når han bad. Han hadde livaktige og skremmende drømmer og hallusinasjoner når han var våken. I februar 1687 døde konen hans, og i begravelsen hennes preket han over lignelsen om de ti brudepikene, i et forsøk på å tolke heldelsene i livet sitt i et apokalyptisk lys. Prekenen ble gjentatt andre steder, og skapte noe oppstyr før den ble publisert året etter. Omtrent samtidig sluttet han å forvalte nattverden i kirken han hadde ansvar for, og preket kun om Jesu personlige styre på jorden, noe han sa skulle starte i Water Stratford. Læren hans tiltrakk seg noen tilhengere, og han lærte dem en ekstrem form for predestinasjonslære. Sør for landsbyen han bodde i, dannet det seg en leir av etterfølgere. De kalte leiren sin «Holy Ground» («Hellig jord»), og den var preget av et tøft liv. Det ble avholdt livlige møter i låver og hytter, og i prestegården var det sang og dans døgnet rundt.
Søndag 22. april 1694, stod Mason i et vindu i huset sitt, og beskrev for en forsamling en visjon av Jesus han sa han hadde hatt på påskedag (16. april) samme år. Fra da av ba han ingen andre bønner enn de siste linjene i Fader vår, og sa at hans arbeid var ferdig ettersom Jesus styre på jorden allerede hadde begynt. Han døde av PTA den følgende måneden, og ble begravd i Water Stratford 22. mai 1694. Troen på tusenårsriket og profetens (altså Masons) udødelighet, satt dypt blant hans tilhengere, og noen nektet å tro at han var død. Manne som tok over som rektor, Isaac Rushworth, fikk gravd opp liket og viste det fram, men mange var fremdeles ikke overbevist, og måtte til slutt bli kastet ut fra «Holy Ground». Møtene fortsatte likevel i seksten år i et hus i landsbyen.
Verker
Mason var en av de første som skrev hymner (i stedet for metriske salmer) som ble brukt i menighetssammenheng. Disse var påvirket av stilen til George Herbert. Noe av det han skrev var kjent for Alexander Pope og John Wesley, og Isaac Watts lånte villig fra ham. Mason skrev over 30 hymner,[7] og flere av disse er i samlinger fra begynnelsen av 1700-tallet. Noen ble også sendere tilpasset datidens bruk. Ralph Vaughan Williams tilpasset en engelsk folketone til Masons «How shall I sing that majesty» for bruk i salmeboken English Hymnal,[8] og i denne formen er salmen hans fremdeles i bruk i anglikansk kirkemusikk. Salmen er også tatt med i Norsk salmebok 2013.
Blant verkene hans var:
Funeral Sermon for Mrs. Clare Wittewronge, London, 1671.
Spiritual Songs, or Songs of Praise London, 1683, 1685, 1692, 1701, 1704 (8th edit.), 1708 (10th edit.), 1718 (11th edit.), 1725, 1750 (14th edit.); Booking, 1760 (?); London, 1761 (16th edit.), 1859. Alle utgavene bortsett fra den siste ble utgitt anonymt. De siste utgavene inkluderte også Penitential Cries' av T. Shepherd fra Braintree.
The Midnight Cry. Sermon on the Parable of the Ten Virgins London, 1691, 1692, 1694 (5th edit.)
Remains, in Two Sermons utgitt av T. Shepherd, London, 1698.
Select Remains, utgitt av hans barnebarn, John Mason, med en anbefaling fra Isaac Watts, London, 1741, 1742; Boston, 1743; London, 1745, 1767 (5th edit.), 1790; Bridlington, 1791; Salem, 1799; Booking, 1801 (9th edit.); Leeds, 1804 (12th edit.); London, 1808 (18th edit.), 1812; Wellington, Shropshire, 1822; Scarborough, 1828; London, 1830.
A Little Catechism, with Little Verses and Little Sayings, for Little Children London, kom i åttende utgave i 1755.
^«The Reverend John Mason». The Church of St Giles, Water Stratford. The Parish of St. Giles, Water Stratford. Arkivert fra originalen 25. november 2010. Besøkt 18. juni 2010.«Arkivert kopi». Arkivert fra originalen 25. november 2010. Besøkt 19. juli 2012.