I 1943 inntrådte ter Schure i salesianerordenen, og han ble presteviet 1. juli 1951. I 1957 ble han direktør for ordenens hus i Rijswijk og senere i Den Haag, og i 1961 ble han provisial for dens nederlandske provins. Særlig ved de nederlandske biskopers særsynode i januar 1980 i Roma markerte han seg. Biskop Joannes Baptist Matthijs Gijsen utnevnte ham til generalvikar for bispedømmet Roermond.
Allerede 31. januar 1985 ble han utnevnt til biskop av 's-Hertogenbosch.
Dette var ikke alle fornøyd med . Det ble innvendt at alle hans forgjengere hadde vært ekte 'brabantere'. Bispedømmets dekaner var ikke fornøyd med utnevnelsen av Ter Schure og Bossche Vereniging Pastoraal Werkenden rådet til at biskopen skulle isoleres og ignoreres[1].
Umiddelbart etter utnevnelsen besøkte paven Nederland, og da også 's-Hertogenbosch. Med den nyutnevnte Ter Schure ved sin side, kjørte paven i sin Popemobile langs de nesten øde gatene, stengt av med mange knusebarrierer, til St. Johannes-basilikaen. Der forsikret paven de troende om at utnevnelsen virkelig var den rette.
I en tid med intens polarisering møtte biskopen, som karakteriseres som rett på sak, mye motstand fra modernistisk hold og troende rundt åttendemaibevegelsen. Selv innenfor bispedømmet 's-Hertogenbosch var dekaner, prester og frivillige lite samarbeidsvillige. Senere ebbet opposisjonen ut.
Biskop Johannes Ter Schure ga Den Bosch bispedømme sitt eget presteseminar i 1987: Sint-Janscentrum, slik hans kollega biskop Gijsen hadde gjort mer enn ti år tidligere i Rolduc.
Etter sin emeritering den 13. juni 1998 arbeidet han som sogneprest i Alphen i provinsen Gelderland. De siste månedene av livet ble han pleiet i Berchmanianum i Nijmegen.
