I bispedømmet Santa Rosa de Copán grunnla han sammen med presten og advokaten Héctor Guillermo Chavarria det salesianske institutt Santo Domingo Saviofor unge menn. Den 14. februar 1952 ble biskop Santos Hernández utnevnt til direktør for San Miguel salesianske institutt i Tegucigalpa.
I januar måned 1961 beordret Monsignor Héctor Enrique Santos Hernández, autorisert av Bispekonferansen i Honduras, grunnleggelsen av et interdiocesane hovedseminar for studenter i filosofi og teologi. I tillegg undertegnet han kontrakt med «Canadian Bishops' Conference» som hadde tilbudt å bygge et seminar og drive det. Dette for å svare på en oppfordring fra pave Johannes XXIII til fordel for støtte av Latin-Amerika. Ved samme avtale ble gutteseminaret og hovedseminaret fysisk atskilt. De første timene i de nye bygningene begynte i juli 1962.
I april 1961 ledet biskop Santos Hernández den første bispedømmekongress i Santa Rosa de Copán, med tilstedeværelse av biskoper fra Guatemala, El Salvador og fra Honduras selv, og med republikkens president, Ramón Villeda Morales, som gjest.
Erkebiskop av Tegucigalpa
Den 15. mai 1962 ble Héctor Enrique Santos utnevnt til erkebiskop av erkebispedømmet Tegucigalpa.
Han deltok på Andre Vatikankonsil. I Honduras gav han stort bidrae til landets undervisning og kirkelige utdanning, og ga hjelpebiskopen i Tegucigalpa, monsignor Óscar Andrés Rodríguez Maradiaga, i oppdrag å koordinere organisasjonen, opprettelsen og driften av det katolske universitetet i Honduras «Vår Frue, Fredens Dronning».
Den 3. januar 1993 fratrådte han i an alder av 76 år som erkebiskop av den honduranske hovedstad. Han var erkebiskop-emeritus i flere år; han døde ikke før den 10. mai 2005 i Tegucigalpa, da 88 år gammel.
