Weber studerte fra 1964 til 1968 i Marburg og Mannheim. Fra 1975 til 1993 hadde han en lærestol i statsvitenskap og samtidshistorie ved universitetet i Mannheim. Fra 1981 ledet han forskningsgruppen for DDR-historie ved samme universitet.
Som det viktigste funn i hans vitenskapelige karriere regnet han selv oppdagelsen av den i femti år forsvunne originalteksten til stiftelsesprotokollen til KPD fra 1918/1919[9] som han fant i 1968.
Verker
Hermann Weber (Hrsg.) Der Gründungsparteitag der KPD, Europäische Verlagsanstalt, Frankfurt a. M. 1969. Neu herausgegeben und eingeleitet: Die Gründung der KPD, Protokoll und Materialien des Gründungsparteitages der KPD 1918/1919. Mit einer Einführung zur angeblichen Erstveröffentlichung durch die SED, Dietz Verlag Berlin 1993, ISBN 3-320-01818-3
Ulbricht fälscht Geschichte. Ein Kommentar mit Dokumenten zum „Grundriß der Geschichte der deutschen Arbeiterbewegung.“ 1964
Die Wandlung des deutschen Kommunismus. Die Stalinisierung der KPD in der Weimarer Republik, Frankfurt: Europäische Verlagsanstalt, 1969 (2 Bände)
Leben nach dem „Prinzip links“ zusammen mit Gerda Weber, Chr. Links Verlag, ISBN 3-86153-405-3
Damals als ich Wunderlich hieß. Vom Parteihochschüler zum kritischen Sozialisten. Die SED-Parteihochschule, Aufbau Verlag, Berlin 2002, ISBN 3351025351
Lenin-Chronik, Daten zu Leben und Werk zusammen mit Gerda Weber, Deutscher Taschenbuch Verlag, München 1974, ISBN 3-423-03254-5
Aufbau und Fall einer Diktatur', Kritische Beiträge zur Geschichte der DDR. Bund Verlag, ISBN 3-7663-2266-4, 1991