Kristensen var valgt til Folketinget fra Ribe amtskrets 1990–2004, etter å ha blitt nominert fra Grindsted krets. Han var partiets landbruks- og fiskeripolitiske talsmann før han i 1994 ble landbruksminister og fiskeriminister i Poul Nyrup Rasmussens regjering. Ministerpostene hadde blitt sammenholdt siden 1993, men ble slått sammen i 1996, og Kristensen ble sittende som matvareminister frem til 2000.[1] Kristensen var sosialminister 2000–2001 og vidt ansett som Rasmussens etterfølger som partiformann i 2002, men overlot formannskapet til Mogens Lykketoft.[2][3]