Pave Innocens VIII utnevnte ham i 1491 til erkebiskop av Taranto, som han regjerte ved stedfortreder mens han selv ivaretok sitt verv som administrator av deler av Kirkestaten. Han var en nøkkelperson[trenger referanse] for valget av Alexander VI under konklavet i 1492. Men snart kom Orsini og andre på kant med paven, og ble kastet i Engelsborgen på pavens befaling. Der døde han. I samtiden ble det visket at han ble forgiftet av pave Alexander.[trenger referanse]
