Den 9. juli 1897 ble bosetningen på Gaya brent ned og ødelagt av frihetskjemperenMat Salleh, noe som førte til at bosetningen, etter et forsøk på gjenoppbygning, ble forlatt.[1] I 1898 ble det etablert en ny bosetning, Gantian, på nordsiden av Likasbukta på fastlandet.[1] I 1899 ble Jesselton grunnlagt som en ny erstatning for Gantian og Gaya.
Naturvern og turisme
Gaya er dekket av tropisk skog, og den 1. mars 1923 ble øya etablert som Sabahs andre skogsreservat.[2] I 1974 ble Tunku Abdul Rahman nasjonalpark etablert, som utgjør 90 prosent av Gaya,[3] og de omkringliggende mindre øyene med havområdene rundt. Det er et senter for marinbiologisk forskning på øya.[4]
Øya har 20 kilometer med stier, flere strender og lokaliteter som er godt egnet for dykking og snorkling. Der er tre turistkomplekser for opphold, rekreasjon og spa, mens tre andre resorter er foreslått bygd. Det er blitt satt opp en plan for å få utviklet øya for økende turisme.[3] Det er fergeforbindelse til Gaya fra Jesselton Point i Kota Kinabalu.
Ulovlige bosetninger
Østsiden av Gaya er tilholdssted for rundt ti tusen innbyggere, i hovedsak illegale innvandrere fra Filippinene, som er bosatt i de tre landsbyene Kampung Gaya, Kampung Lok Urai og Kampung Kesuapan.[5] Bosetningene har store søppel- og forurensningsproblemer, og der hersker dels lovløse tilstander.[3][6]