Fugløya var planlagt innlemmet i en utbygging av industriområdet på Husøya i tidligere Frei kommune. Øya ble, etter en folkeaksjon i kommunen, kåret til kulturminne for kommunen i kulturminneåret 1997.[1]
Formannskapet i Frei kommune forsøkte å sette resultatet av avstemningen til side, og vedtok i stedet å kåre Rastarkalv til kommunens kulturminne. Dette vedtaket ble overprøvd av sekretariatet i kulturminnestafetten, som slo fast at det var kommunens innbyggere som skulle avgjøre.[2] Øya ble også valgt til kulturminne for Møre og Romsdal fylke.
Naturreservat
Etter vedtak i statsråd er Fugløya med tilhørende sjøareal gitt status som naturreservat for sjøfugl f.o.m. 1. august 2010.[3] Området er inkludert i Møre og Romsdal fylkes verneplan for hekkende sjøfugl.[4] Denne verneplana ble oversendt Direktoratet for Naturforvaltning, som støttet fylkets tilrådning om vern av Fugløya. DN sendte sin tilrådning til Miljøverndepartementet som planla å gjøre vernevedtak i løpet av høsten 2007 og 2008.[5]
Ingen andre viltområder har høyere naturverdi i tidligere Frei kommune.[6]
Ifølge Gards- og ættesoge for Frei[7] ble øya i tidlige tider brukt til fisketørking av ulike kjøpmenn i Kristiansund. Det er usikkert hvorvidt noen bodde der fast på den tida. Den første eieren som er nevnt i boka er Fredrik Schmedling fra Bolga, og den første som er nevnt som bosatt på øya er Bergljot Thoresen.
Øya ble fraflytta i 2003, men i mange år bodde brødrene Frank og Roald Thoresen på øya og drev med tradisjonelt fiske. Et portrettprogram med brødrene har vært sendt på TV Nordmøre. Et gardsbruk lå tidligere på øya. Bygningene, tuftene og kulturlandskapet er prega av tidligere klippfiskproduksjon på øya. 19. mai 2018 oppsto det brann i bolighuset. Da brannmannskap fra brannvesenet og redningsskøyta «Erik Bye» ankom øya, var huset overtent og sto ikke til å redde. Det ble foretatt en kontrollert nedbrenning av huset samt spylt på mye vann rundt huset så brannen ikke skulle spre seg.[8]
