Fredrik Gjertsen tok filologisk embetseksamen i 1857 og ble i 1862 skolebestyrer i Kristiania. I 1869 opprettet han sin egen latin- og realskole, Gjertsens skole, som han drev frem til 1889. Han var en fremtredende kulturpersonlighet og holdt glimrende taler. Særlig gjorde han seg bemerket på de skandinaviske studentmøtene fra 1856 og senere. Han var de norske studentenes ordfører under studentmøtet i Uppsala i 1875 og ved jubelfesten samme sted i 1877. På grunn av diktet «Slesvig!», som han leste opp under møtet i 1875, mottok han en takkeadresse fra de nordslesvigske representantene i Tysklands Riksdag.[trenger referanse]
Foruten et par franske skolebøker utga Gjertsen først og fremst en rekke norske oversettelser av klassiske verker. Sammen med rektor Carl Müller utga han i 1878 en norsk oversettelse av Horats’ brev, og i sammen med Sophus Bugge foresto han i 1873 en utgave med oversettelse av Plautus’ Mostellaria. Fra tysk oversatte han GoethesFaust (1873) og GrillparzersSapfo (1891). I sine senere år var han særlig opptatt med oversettelser av greske dramaer.[trenger referanse]
Han var gift med Augusta Egeberg (1838–1916) og bosatt i Egebergs leiegård. Deres datter Anette Gjertsen (1871-1940) ble gift med Herman Løvenskiold (1869–1927).
