Frederik trådte i dansk militærtjeneste, men deltok i 1848 i opprøret mot Danmark hvoretter han ble fratatt sine ordner, og drog i landflyktighet sammen med broren Carl. I 1841 hadde han giftet seg med Adelheid av Schaumburg-Lippe, men ekteskapet ble ulykkeligt. Etter fem år lot de seg skille, men i 1854 møtte han sin kone og en 9-årig datter igen i Nice, hvoretter paret giftet seg på ny.[4] De slo seg heretter ned på det slesvigske gods Carlsburg, og fra 1856 lot broren, hertug Carl, ham også bestyre godset Grønholt (Grünholz). Frederik fikk også sine konfiskerte ordener tilbake.
Ved hertug Carls død i 1878, etterfulgte Frederik ham som hertug av Glücksborg. Han døde i Slesvig den 27. november 1885,[5] og ble i sin tur etterfulgt som hertug av sønnen Frederik Ferdinand.[4]
^abThe Peerage, oppført som Friedrich Herzog zu Schleswig-Holstein-Sonderburg-Glücksburg, The Peerage person ID p10100.htm#i100992, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^ The Peerage person ID p10100.htm#i100992, besøkt 7. august 2020[Hentet fra Wikidata]
^abBramsen, Bo (1976). Huset Glücksborg i 150 år - bind 1. Gyldendals Bogklub. s. 74–75.