Han debuterte som forfatter med 1. Olsens Bok (1983) som ble utgitt psevdonymt. Hele Fjellheims forfatterskap er preget av en stadig utprøvning av litterære uttrykksformer. Poesi, prosa og sakprosa veksler om tyngdepunktene, og sjangere integreres i forløp som har leserens våkenhet som siktemål. Slik kan man i Fjellheims bøker lese om temaer som vanligvis ikke behandles innenfor ett og samme verk.
Forfatteren er en aktiv deltager i offentligheten gjennom essays og artikler til aviser og tidsskrifter. Han arbeider også som litteraturkritiker i Klassekampen. Freddy Fjellheim har gjennom mange år undersøkt og kritisert det nyrike Norge ut ifra en økologisk tenkning.