I 1986 ble han utnevnt til koadjutor i bispedømmet Chilaw; I 1972 ble han utnevnt til biskop av Chilaw.
Frank Marcus Fernando har blitt kalt «de stemmeløses stemme» for gjentatte ganger å fordømme offentlig diskriminering og for en rekke andre menneskerettsanliggender. I 2004 ledet han den borgerlige opposisjonsbevegelse mot anti-konverteringsloven drevet gjennom av den nasjonalistiske bevegelsen Jathika Hela Urumaya, grunnlagt av buddhistmunker. Han klaget inn loven, som så ble omgjort i Høyesterett i Colombo.[2]
Han kjempet også mot byggingen av et kullkraftverk som mange fryktet ville forurense både miljøet og en katolsk helligdom i bispedømmet Chilaw.[3] Fernando organiserte en rekke demonstrasjoner og bønneaksjoner mot svekkelse av menneskerettigheter, rettssystem og miljøpolitikken i landet.[3]
Han ga ut bøker og var redaktør for Gnanartha Pradeepaya. Han var også engasjert i misjonsarbeidet, spesielt med Sudasunasenteret som han grunnla i 1978, og som ble det største mediesenteret i den katolske kirke i Asia. På Filippinene var han en stor tilhenger av Radio Veritas.[2]
I 2006 ble hans alderbetingede avskjedssøknad innvilget av pave Benedikt XVI.
