Šeper ble født i Osijek, men i 1910 flyttet familien til Zagreb. Faren Vjekoslav var skredder og moren Marija sydame. Šeper utdannet seg i filosofi og teologi i Zagreb og ved Gregoriana i Roma.[5]
Prest
Han ble presteviet av biskop Giuseppe Palica den 26. oktober 1930 sammen med sin senere forgjenger som erkebiskop av Zagreb, Alojzije Stepinac. Han virket som prest i erkebispedømmet Zagreb mellom 1930 og 1934, og deretter som rettsvikar (officialis) og personlig sekretær for erkebiskopen frem til 1941. Fra 1941 til 1954 var han så rektor for presteseminaret i Zagreb, mellom 1951 og 1954 virket han også som prest.
Biskop, erkebiskop
I 1954 utnevnte pave Pius XII ham til koadjutorerkebiskop i Zagreb, og da Stepinac døde i 1960 etterfulgte han ham i embedet. Han deltok på det annet Vatikankonsil mellom 1962 og 1965.
I 1974 publiserte Troskongregasjonen en «erklæring om provisert abort», som på nytt gjentok Kirkens motstand mot slik abort etter publikasjonen av Humanae Vitae. Senere fulgte dokumentet Persona Humana[6] om seksualetikk.
I 1976 var han ansvarlig for dokumentet Inter Insigniores som avviste ordinasjon av kvinner i Den katolske kirke. I 1980 skrev han kongregasjonens erklæring om eutanasi.
I hans embedstid falt også blant annet tiltaket som i 1979 tok det kirkelige læreoppdrag (Missio canonica) fra den sveitsiske teolog Hans Küng.[7][8]
^abEncyclopædia Britannica Online, oppført som Franjo Seper, Encyclopædia Britannica Online-ID biography/Franjo-Seper, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^abMunzinger Personen, oppført som Franjo Seper, Munzinger IBA 00000010975, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^abHrvatska enciklopedija, Hrvatska enciklopedija-ID 59454[Hentet fra Wikidata]
^abAutorités BnF, BNF-ID 12125790z[Hentet fra Wikidata]
^Declaratio de quibusdam capitibus doctrinae theologiae professoris Ioannis Küng, qui, ab integra fidei catholicae veritate deficiens, munere docendi, qua theologus catholicus, privatus declaratur vom 15. Dezember 1979 mit Sperrfrist bis zum 18. Dezember 1979, abgedruckt u. a. in der FAZ Nr. 295 vom 19. Dezember 1979, S. 4, publiziert in den Acta Apostolicae Sedis 72 (1980), 90-92.
^Der Spiegel: Gestorben: Franjo Seper, nr 1. 1982. s 124