Fernández' gjennombrudd kom i 1996, da han ble juniorverdensmester på 10 km. Hans første internasjonale seniormesterskap var EM 1998 i Budapest der han tok bronse på 20 km. Året etter deltok han i VM 1999 i Sevilla og ble nummer fem på 20 km.
Fernández deltok under OL 2000 i Sydney og kom på sjuendeplass. I EM 2002 vant han sin første internasjonale tittel da han tok gullet på 20 km. Dette året satte han verdensrekord på 20 km i Åbo med tiden 1:17.22.
Nok en sølvmedalje ble det i VM 2005, og igjen var det Jefferson Pérez som vant gullet. Spanjolen vant imidlertid sitt andre EM-gull på rad i Göteborg 2006.
I VM 2007 gjentok mønsteret seg igjen fra de to tidligere verdensmesterskapene, Fernández havnet på sølvplassen bak Pérez. I OL 2008 i Beijing havnet han nede på en sjuendeplass, og havnet utenfor seierspallen i et stort internasjonalt mesterskap for første gang siden 2001.
Personlig rekord
20 km – 1:17.22
Referanser
^World Athletics Database, World Athletics utøver-ID 56240, oppført som Francisco Javier Fernandez[Hentet fra Wikidata]