Byen blir første gang nevnt i 1248 og fikk kjøpstadsrettigheter i 1284. En av de første festningene var Duborg slott fra 1411. Med munkesten fra ruinene av slottet ble Flensborghus oppført i 1725.
Allerede før 1600 ble dansk ansett som et underklassespråk. Tjenestejenter og ammer i Flensburg skulle pent gå til dansk gudstjeneste og fikk ikke vise seg ved de tyske.[3]
Inntil 1814 var det danske hertugdømmet Slesvig i personalunion med Danmark-Norge, og til 1864 med Danmark, slik at Flensburg hørte til den «kongelige» delen av det danske hertugdømmet. Byen har fremdeles en dansk minoritet av betraktelig størrelse, med eget skolevesen, kirker og bibliotek. Personalunionen med Norge medførte også at en rekke slekter fra Flensburg slo seg ned i Norge, særlig på 1600- og 1700-tallet. De fleste slo seg ned i Trondheim. Av kjente slektsnavn kan nevnes Schøller og Rochmann.
Ved folkeavstemningen om Slesvig i 1920 stemte omtrent 20 % for Danmark og 80 % for Tyskland. At byen ikke kom med til Danmark førte til påskekrisen, da kong Christian X avskjediget den danske regjering.