Mo Ibrahim-prisen (2008)[3] Storkors av Æreslegionen (2008) (deles ut av: Nicolas Sarkozy)[4] Ridder av Malis nasjonalorden[5] Officer of the National Order of the Ivory Coast (1979)[5]
Etter valget i 1999 ble han tatt i ed som president 20. oktober, for en periode på fem år.[6] Under edsavleggelsen sa han at hans hovedmål ville være å bekjempe fattigdom og arbeidsløshet.[6]
Etter BDPs seier i valget i 2004 ble Mogae tatt i ed for en ny periode 2. november2004. Mogaes valgløfter var også nå å bekjempe fattigdom og arbeidsløshet, samt spredning av hiv/aids, som han lovte å stoppe i Botswana innen 2016.[7]
Han trakk seg som president 1. april 2008, og ble etterfulgt av visepresident Ian Khama.