I en søskenflokk på åtte, ble Fatima Meer det andre barnet til Moosa Ismail Meer og Rachel Farrel. Faren Moosa Ismail arbeidet som journalist og redaktør i Indian Views, Sør-Afrikas eldste indiske avis. Durban, Fatima Meers fødested, er et sentrum for den indiske diasporaen på det afrikanske kontinentet, det blant annet Mahatma Gandhi levde en periode. Etter fullført skolegang ved Durban Indian Girls High School studerte hun til en mastergrad i sosiologi ved University of KwaZulu-Natal.
Etter at Nasjonalistpartiet tok makten i 1948 trappet Meer opp sin aktivistiske aktivitet. Hun var blant grunnleggerne av Federation of South African Women (FSAW), som blant annet ledet kvinnemarsjen 9. august 1956. Etter Sharpeville-massakren i 1960 ble FSAW og mange andre organisasjoner forbudt, og måtte gå under jorden.
I løpet av 1970-tallet ble Meer fengslet uten rettssak for å organisere en politisk kampanje sammen med Steve Biko fra Black Consciousness Movement.
Meer overlevde så vidt et attentat kort tid etter hennes løslatelse fra varetekt i 1976 da hun ble skutt på i hennes families hjem i Durban. Hennes sønn, Rashid, reiste i eksil samme år. Meer ble angrepet igjen og skyldte dette andre angrepet på Black Consciousness Movement som hun tidligere hadde samarbeidet med.
Meer var ansatt ved University of KwaZulu-Natal fra 1956 til 1988 og var også gjesteprofessor ved en rekke universiteter i Sør-Afrika, USA, India, Mauritius, Karibia og Storbritannia. Hun har også mottatt to æresdoktorat for sitt arbeid for menneskerettigheter og kvinners rettigheter.