Axelsen har særlig arbeidet med temaer som seksuelle overgrep, identitet og kjønn, samt teori- og metodeutvikling innen klinisk psykologi.[2]
Bibliografi
Axelsen, Eva (2013). Meningsskaping - en diamant i psykoterapi. I: Kirsten Benum; Eva Axelsen & Ellen Johanne Hartmann (red.): God psykoterapi: Et integrativt perspektiv. Pax Forlag, kapittel 6. ISBN 978-82-530-3598-7.
Samspill i system: Behandlingshverdag i psykiatriske institusjoner (1980, med Sigrid Sandsberg)
Kvinne(p)syke: Kvinners psykiske problemer - forandring og utvikling gjennom terapi (red., 1984, med Trine Anstorp og Reidun Ingebretsen)
Menn i forandring: En tydeliggjøring av problemer og utviklingsmuligheter (red., 1990, med Trine Anstorp)
Tilbakereisen: Om forandring gjennom terapi (1991, med Sissel Bakke)
Symptomet som ressurs: Psykiske problemer og psykoterapi (1997)
Veier til forandring: Virksomme faktorer i psykoterapi (red., 1999, med Ellen Hartmann)
Psykoterapi og Bestialitetens historie (2007). Gyldendal Akademisk.[2]
Den nye tilbakereisen: Om forandring gjennom terapi (2012)