Han hadde artium fra Oslo katedralskole i 1880, og ble cand. real. i 1887, med utmerkede karakterer i matematikk og fysikk. Han ble tidlig interessert i botanikk, og allerede i 1883 utga han en beskrivelse over floraen i Langesund og Kragerø. Han arbeidet som middelskolelærer flere steder i Norge (Tromsø, Hammerfest, Sandefjord, Kristiania) før han i 1894 fikk jobb ved Bergen katedralskole, hvor han ble til pensjonsalderen i 1932.
Jørgensen fortsatte sine botaniske studier, fra 1898 med stipendier fra Bergen Museum, og fra 1914 som statsstipendiat. Han skrev florageografiske studier fra flere steder hvor han oppholdt seg. Han skrev omfattende avhandlinger om levermoser (Hepatophyta) og øyentrøst (Euphrasia). Ettersom Bergen Museum arbeidet med marin flora, ble Jørgensen engasjert i dette arbeidet, og han utga etterhvert flere taksonomiske studier om plankton, blant annet The protist plankton and the diatoms in bottom samples som han utga sammen med Hydrographical and Biological investigations in Norwegian Fiords av Ole Nordgaard i 1905. Innenfor det lettere faglige forfatterskap var han også redaktør for flere utgaver av Norsk flora : til bruk ved skoler og botaniske utflugter og Lærebok i botanikk for middelskolen, begge opprinnelig utgitt av H.L. Sørensen.
