Hertug Ernst Günther var sønn av Frederik Christian August av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Augustenborg og prinsesse Adelheid av Hohenlohe-Langenburg. Den 2. august 1898 giftet han seg i Coburg med prinsesse Dorothea av Sachsen-Coburg og Gotha (1881–1967), datter av Philipp av Sachsen-Coburg og Gotha (1844–1921) og Louise av Belgia (1858–1924). Paret hadde ingen barn, men adopterte i stedet i 1920 prins Johann Georg av Glücksborg og søsteren prinsesse Marie Luise,[7] barn av Albrecht av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Glücksborg (1863–1948) og Ortrud av Ysenburg og Büdingen (1879–1918).
Avkall på arvekrav
I 1884 ga Ernst Günther avkall på de augustenborgske rettigheter til Slesvig-Holsten og fikk som kompensasjon slottene Sønderborg og Augustenborg med tilhørende gods, som han igjen ga avkall på i 1920 til den dansk stat.[8]
Han ble etterfulgt som hertug av sin fetter Albert, sønn av prins Christian. Albert ble den siste hertug av Augustenborg.
^abcdefghBiographisches Jahrbuch und Deutscher Nekrolog, archive.org, side(r) 4, bind 5, 1900, besøkt 2. januar 2025[Hentet fra Wikidata]
^abThe Peerage, oppført som Ernst Günther Herzog von Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenburg, The Peerage person ID p10450.htm#i104497, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^ The Peerage person ID p10450.htm#i104497, besøkt 7. august 2020[Hentet fra Wikidata]
^Biografisches Corpsalbum des Corps Borussia zu Bonn 1821–2008[Hentet fra Wikidata]