Haugen ble født i et samfunn av norske innvandrere. Det første språket han lærte seg var norsk. Engelsk lærte han seg først på skolen. Tospråklighet opplevde han alt tidlig. Senere skrev han flere bøker om dette emnet.
I 1923 avla han examen artium. Fra 1924 til 1927 var han på Morningside College, Sioux City, Iowa.
I 1928 fikk han den akademiske graden Bachelor of Arts ved St. Olaf College i Northfield, Minnesota.
I 1929 fikk han den akademiske graden Magister Artium ved University of Illinois i Urbana, Illinois.
I 1931 la han fram et doktorarbeid som har titelen The New Norse Movement in Norway (Nynorsk-bevegelsen i Norge).
I 1932 giftet han seg med Eva Lund.
Haugens arbeide som professor
Fra 1931 til 1964 var Einar Haugen professor for nordiske språk ved University of Wisconsin i Madison.
Mellom 1938 og 1982 var han gjesteprofessor ved flere universiteter i Nord-Amerika, Europa og Australia. Han ble utnevnt til æresdoktor ved Universitetet i Trondheim i 1972.
Haugens vitenskapelig arbeide
Einar Haugen var ingen tilhenger av en spesiell språkvitenskapelig skole. Et par av verkene hans er strukturalistisk preget mens andre verk er tradisjonellere og før-strukturalistiske. Han var skeptisk ovenfor de transformasjonell-generative strømningene i språkvitenskapen. Han arbeidet helt data-orientert og når han dannet teorier så bygde han dem først og fremst på disse dataene.
Sosiolingvistiske aspekter spiller en viktig rolle i verket hans. Dette vises i forskningstyngdepunktene hans: tospråklighet, dialektologi og språkplanlegging.
Et av hans viktigste verk er The Scandinavian Languages. An Introduction to their History, London og Cambridge (Massachusetts), 1976.
Haugen, Einar: Die skandinavischen Sprachen. Eine Einführung in ihre Geschichte, Helmut Buske Verlag, Hamburg 1984, ISBN 3-87118-551-5 (fra etterordet av oversetteren, Magnús Pétursson)