Som befullmektiget general i Kroatia ble han sjokkert av Ustašas overgrep, som han motsatte seg og fordømte. I 1944 deltok han i Lorković-Vokić-komplottet, som innebar å styrte Ustaša og deres leder Ante Pavelić og erstatte dem med en pro-alliert regjering. Dette førte til at Glaise-Horstenau ble persona non grata i sin stilling såvel Kroatia som Tyskland, og han ble avsatt i slutten av september 1944.
Glaise-Horstenau ble så del av den såkalte Führer-Reserve og gitt et obskurt oppdrag som militærhistoriker for Sørøst.
Glaise-Horstenau ble tatt til fange av amerikanske soldater den 5. mai 1945. Hav opptrådte som vitne i Nürnbergprosessene. Han fryktet å bli hardt straffet i Østerriket for sin rolle under den tyske annektering av landet;derfor, eller kanskje fordi han fryktet at han ville bli utlevert til Jugoslavia, begikk han selvmord i en krigsfangeleir i Langwasser i Nürnberg.
Peter Broucek (Eingel. und hrsg.): Ein General im Zwielicht. Die Erinnerungen Edmund Glaises von Horstenau. Böhlau, Wien u.a. 1980 ff.
Band 1: K.u.k. Generalstabsoffizier und Historiker (= Veröffentlichungen der Kommission für Neuere Geschichte Österreichs. Bd. 67). 1980, ISBN3-205-08740-2.
Band 2: Minister im Ständestaat und General im OKW (= Veröffentlichungen der Kommission für Neuere Geschichte Österreichs. Bd. 70). 1983, ISBN3-205-08743-7.
Band 3: Deutscher Bevollmächtigter General in Kroatien und Zeuge des Untergangs des "Tausendjährigen Reiches" (= Veröffentlichungen der Kommission für Neuere Geschichte Österreichs. Bd. 76). 1988, ISBN3-205-08749-6.
Österreichisches Staatsarchiv, Mitteilungen des österreichischen Staatsarchivs, Band 47, 1999
Das Personenlexikon zum Dritten Reich (på tysk). Frankfurt am Main: Fischer Taschenbuch Verlag. 2007. s. 270. ISBN978-3-596-16048-8.