28. april1978 gjennomførte det marxistiske Afghanistans folkedemokratiske parti et blodig statskupp der de tok over makten i landet, og Den demokratiske republikken Afghanistan ble erklært. Den nye regjeringen gjennomførte jordreformer, innførte forbud mot tvangsekteskap og byttet ut religiøse lover med sekulære og marxistiske. De byttet også ut Afghanistans tradisjonelle flagg med et sovjet-inspirert, rødt flagg, og undertrykte aktivt den religiøse ledelsen i landet. Reformene møtte stor motstand fra store deler av befolkningen, som oppfattet det nye regimet som anti-islamsk.
En raskt voksende sovjetisk innflytelse, politisk undertrykkelse og sterk motstand mot reformene, førte til et omfattende opprør i landet mot det marxistiske styret ledet av Noor Mohammed Taraki. I 1979 arresterte, utviste og henrettet regjeringen mange mujahedin, såkalte «hellige muslimske krigere». I løpet av 1978 og 1979 henrettet regimet mellom 10 000 og 27 000 mennesker, hovedsakelig i det beryktede Pul-e-Tsjarki fengsel i Kabul. Amerikanske CIA og PakistansISI støttet opprørsstyrkene finansielt på grunn av deres motstand mot den kommunistiske regjeringen. USA ønsket også å fremprovosere en sovjetisk intervensjon, da president Jimmy Carters rådgiver Zbiegnew Brzezinski ønsket å gi Sovjetunionen «sin vietnamkrig». Taraki ble drept den 14. oktober 1979, og ble erstattet med statsminister Hafizullah Amin i en maktkamp. Amin intensiverte reformene og den politiske undertrykkelsen, noe som bidro til sterkere motstand.
Etter et omfattende opprør i den afghanske byen Herat i mars 1979, oppfordret den afghanske regjeringen Sovjetunionen til å sende styrker til landet for å slå ned opprøret, og flere forespørsler om sovjetisk intervensjon kom i de følgende månedene, men Leonid Brezjnev avviste i utgangspunktet å sende styrker til Afghanistan, i frykt om at dette bare ville forverre den folkelige motstanden mot regjeringen. Den sovjetiske ledelsen oppfordret også Taraki og Amin til å moderere reformene for å vinne mer folkelig støtte. Den 24. desember1979 igangsatte KGBOperasjon Storm-333, hvor Amin ble skutt i presidentpalasset. Babrak Karmal ble innsatt som president, og sovjetiske styrker ble utplassert i Afghanistan for å slå ned den islamistiske motstanden.
Sovjetunionen og Karmal-regjeringen førte en brutal krig mot ulike muslimske og etniske opprørsgrupper. Sovjetiske og afghanske regjeringsstyrker bombet landsbyer for å ødelegge mujahedin. Under krigen flyktet rundt 5 millioner mennesker – rundt en fjerdedel av befolkninga – fra landet, hovedsakelig til Pakistan og Iran. Rundt 2 millioner ble også internt fordrevne, da kamper og bombing av afghanske landsbyer tvang befolkninga til å flykte inn til byene. USA og Pakistan økte støtten til mujahedin etter den sovjetiske invasjonen. Saudi-Arabia støttet også gruppene finansielt på grunn av gruppenes muslimske tilhørighet mot den ateistiske Sovjetunionen.
Organisasjonen Maktab al-Khadamat (MAK) ledet av den rike saudiaraberen Osama bin Laden og palestineren Abdul Azzam, førte penger, våpen og muslimske krigere inn i landet med assistanse fra regjeringene i USA, Pakistan og Saudi-Arabia. I 1988 brøt bin Laden, sammen med sine mer militante medlemmer, kontakten med MAK og grunnla al-Qaida for å utvide motstanden mot Sovjet til hele verden. I ettertid har det fra de afghanske mujahedin blitt hevdet at de arabiske frivillige, Osama bin Laden inkludert, kom i veien under striden mot Sovjet, og at disse var langt dårligere trente soldater enn de lokale krigerne.[trenger referanse].
I 1986 ble president Babrak Karmal erstattet med Mohammed Najibullah, etter press fra Mikhail Gorbatsjov. Karmal var blitt upopulær fordi han ble oppfattet som en marionett for Sovjetunionen. Najibullah hadde tidligere ledet den afghanske sikkerhetstjenesten KHAD. Najibullah ville at islam skulle få større betydning i afghansk politikk. I 1987 ble det vedtatt en ny grunnlov, som den første siden revolusjonen i 1978. Grunnloven inneholdt mange av de samme elementene som den grunnloven som ble vedtatt under Mohammed Daoud Khan i 1976. Det offisielle navnet på republikken ble endret tilbake til Republikken Afghanistan. Grunnloven innførte et flerpartisystem, og valg ble avholdt året etterpå, noe som i praksis fikk liten betydning siden mujahedin boikottet valget.
Sovjetunionen begynte uttrekningen fra Afghanistan i 1987, og de siste styrkene forlot landet i februar 1989, men Sovjetunionen fortsatte å støtte Najibullah-regjeringen militært og økonomisk.
Senere stridigheter
USA, Pakistan og Saudi-Arabia fortsatte også å støtte mujahedin. Etter Augustkuppet i Sovjetunionen i 1991 mistet den afghanske regjeringen støtten fra Moskva, og ble senere styrtet 28. april1992, etter at den etnisk usbekiske militslederen Abdul Rashid Dostum deserterte og allierte seg med Ahmad Shah Massoud. En islamsk stat ble opprettet, men manglende samhold mellom mujahedin-krigerne begynte å manifestere seg i voldsbruk. En ny borgerkrig startet, denne gangen mellom fraksjoner innenfor mujahedin. Mens de hardeste kampene under sovjetkrigen hovedsakelig hadde funnet sted på landsbygda og i de mindre byene, skjedde de hardeste kampene under den nye borgerkrigen i Kabul og andre store byer. Rundt 50 000 afghanere ble drept under de urbane kampene i perioden 1992–1996, som endte med seier til Taliban.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
